1993 年经铁道部批准、国家物价局同意，中国铁路对外服务总公司（铁道部直属企业）成立快运部，在北京、上海等 7 个城市开办中国铁路小件货物特快专递运输业务。

1997 年 4 月，在国家工商局注册设立中铁快运有限公司，开展 中国铁路小件货物特快专递运输 ，注册商标CRE 中铁快运 。

2003 年 6 月 18 日 ，铁道部成立中铁行邮运输中心筹备组，任命徐海锋为筹备组组长，正式启动行包专业运输企业筹备工作。

2003 年 9 月 26 日 ，铁道部与国家邮政局在钓鱼台国宾馆签署《战略合作框架协议》，拉开铁路与邮政战略合作的序幕。

2004 年 10 月 10 日 中铁行包快递有限责任公司注册成立中铁纪念票证有限公司，经营铁路纪念票证。

2004 年 10 月 28 日 ，中铁快运有限公司经股份制改造后，名称变更为 中铁快运股份有限公司 ，并进入上市辅导期。同日，中国铁路对外服务总公司的资产、人员划拨中铁行包快递有限责任公司，名称变更为中国铁路建设投资公司。

2005年9月，为整合内部资源，优化资产结构，理顺业务关系，强化经营管理，避免同业竞争，形成优势互补，铁道部决定将中铁行包快递有限责任公司与中铁快运股份有限公司（1997年4月在国家工商局注册设立）的资产、业务、机构、人员实施合并重组。新公司使用中铁快运股份有限公司名称，注销中铁行包快递有限责任公司。

2006年1月6日，在国家工商行政管理总局办理变更注册手续后，新的中铁快运股份有限公司正式成立，注册资本19.46亿元，共有股东21家，中国铁路建设投资公司代表铁道部占总股份的52.6%。

2006年4月，铁道部将18个铁路车站行包房和14对行包专列的资产划拨给中铁快运股份有限公司。