第二池 起进一步发酵、沉淀作用，与池相比，第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。 第三池 主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
应根据使用人数、粪便贮存发酵达到无害化所需的时间决定，一般要求、第二池的有效容积应保证粪便在其中能存留30天时间，在第三池存留30天。每人每天的粪尿排泄量约为1.5L，节水型便器的冲洗水量可按每天2.OL计算，所以、二池容积的计算量不能少于3.5L。第三池容积的大小视用周期而定，一般不小于和第二池之和。如果是水冲式的户厕则贮粪池容积可适当放大。
池和第二池的容积不同，对寄生虫卵沉淀的效果有一定影响。如果池的容积过小，粪便贮留的时间短，达不到粪便分解和沉淀的目的，粪便和虫卵可能进入第二池，不仪增加了第二池的负担，而且容易造成过粪管堵塞。如果第二池容积相对较小，粪便在第二池停留的时间短，则粪便无害化处理效果就差。三个池的比例一般应为2：1：3，池贮存20天，第二池贮存10天，第三池贮存30天。 化粪池有效深度为1000mm，多不少于900mm，加上化粪池的上部空间，池深约为1150mm。
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