选择合适的凝胶浓度，使组分得以充分的分离。通常靠近前沿的蛋白带分辨率不佳，所以应根据分子量与凝胶孔径的关系，灌制足够长度的凝胶，以使样品不会走出前沿。样品的蛋白水解作用也引起扩散而使分辨率降低。水解作用通常发生在样品准备的时候，系统中的内源性蛋白酶会水解样品蛋白，如果在缓冲液中加蛋白酶抑制剂可以减少这种情况的发生。
SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳可测定蛋白质分子量.其原理是带大量电荷的SDS结合到蛋白质分子上克服了蛋白质分子原有电荷的影响而得到恒定的荷/质比。SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳测蛋白质分子量已经比较成功，此法测定时间短，分辨率高，所需样品量极少（1～100μg），但只适用于球形或基本上呈球形的蛋白质，某些蛋白质不易与SDS结合如木瓜蛋白酶，核糖核酸酶等，此时测定结果就不准确.
聚丙烯酰胺凝胶电泳可用做蛋白质纯度的鉴定.聚丙烯酰胺凝胶电泳同时具有电荷效应和分子筛效应，可以将分子大小相同而带不同数量电荷的物质分离开，并且还可以将带相同数量电荷而分子大小不同的物质分离开。其分辨率远远高于一般层析方法和电泳方法，可以检出10-9～10-12g的样品，且重复性好，没有电渗作用.
操作注意事项
1.连接的气压不应大于145psi。
2.拆卸胶枪前，需先将气压管分离。
3.要操作顺利，每次施工后，应用密封胶生产商建议的溶剂抹去枪管内剩余密封胶。（不允许将胶枪浸泡在溶剂中）
4.施工时，枪管前端盖塞应经常紧闭。
5.施工完，请轻放胶枪，小心损伤前盖和后端消声器。
6.勿将枪口对准人。
7. 在连续工作过程中，胶枪每次停止工作时间一般不得超过5分钟，否则，应打胶到胶排出完为止。
8.高压胶管不得强行挤压、弯曲，防止影响胶枪正常工作。