对于许多刚刚成立的缴纳增值税的企业，或者是刚刚“营改增”的企业，会计人员对增值税的核算方法和申报抵扣规定都不熟悉。对于正式一般纳税人来说，可以抵扣当月已认证进项税额；而对于辅导期纳税人，由于要等待比对结果才能申报抵扣，会计人员应在《稽核结果通知书》上注明的时间内申报抵扣进项税额。
有的老板认为公司有生意时要填报申报表，而没有生意或是不达起征点就无需申报了，其实不然。对于税务机关来说，纳税申报的作用不仅在于落实企业应缴纳的税款，还在于税务机关了解纳税人的经济活动情况，掌握和分析税源的变化情况。如企业不申报，依照征管法，税务机关可对企业处以1万元以下的罚款。
如果属于增值税一般纳税人就使用增值税专用发票和增值税普通发票，如果属于小规模纳税人就使用增值税普通发票（升级版纳税人）、通用机打发票、手写发票等。作为老板不需要知道那么详细，只要按照发票领购簿上已经核准的发票种类和数量领用即可。
按税收的计算依据为标准分类：
·从量税：是指以课税对象的数量(重量、面积、件数)为依据，按固定税额计征的一类税。从量税实行定额税率，具有计算简便等优点。如我国现行的资源税、车船税和土地使用税等。
·从价税：是指以课税对象的价格为依据，按一定比例计征的一类从价税实行比例税率和累进税率，税收负担比较合理。如我国现行的增值税、营业税、关税和各种所得税等税种。
·价内税：是指税款在应税商品价格内，作为商品价格一个组成部分的—类税。如我国现行的消费税、营业税和关税等税种。
·价外税：是指税款不在商品价格之内，不作为商品价格的一个组成部分的一类税。如我国现行的增值税(目前商品的价税合一并不能否认增值税的价外税性质)。