同仁医院现有中国工程院院士1名，北京学者3名，长江学者1名，享受政府特殊津贴专家11名，获、北京市突出贡献专家12名。作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务。医院现有学位点28个，其中博士学位点13个。硕士生导师114人，博士生导师41人。拥有15个北京市住院医师培训基地。
改革开放以来，医院共获得省部级以上科技成果奖励138项，其中8项，获得国家自然科学基金资助项目253项。
医院设有眼底科、青光眼科、眼外伤科、白内障中心、视光中心、眼角膜科、眼肿瘤科、眼肌科、眼中医科、眼整形科、临床检查中心、中心防盲办公室、同仁眼库、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、头颈外科、中心防聋办公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、变态反应科、心内科、心外科、神经内科、消化内科、呼吸内科、肾内科、内分泌科、血液科、风湿免疫科、感染科等科室。
其中眼科、耳鼻咽喉科为原卫生部批准的国家临床重点专科，变态反应科为国家卫生和计划生育委员会批准的国家临床重点专科，中医眼科学为国家中医药管理局批准的中医重点学科。
在青光眼诊断技术和方法方面，我们拥有许多先进设备：3D频域OCT、海德堡视网膜断层扫描仪(HRT)、GDx视网膜神经纤维厚度测量仪、自动视野计、多焦VEP、眼底立体照相、全景超声生物显微镜(UBM)、前节OCT、巩膜上静脉压测量仪、回弹式眼压计、超声角膜测厚仪、YAG激光机、SLT激光机等各类青光眼诊疗设备二十余台，先进程度与国际医院保持同步。可对青光眼相关各项生理指标进行客观、定量的测量。自2009年设立了24小时眼压监测室，能够对青光眼患者眼压变化做出更加准确、的评价。
北京同仁医院眼外伤专科集几代眼外伤人的总结积累、几十年的临床实践诊治经验，业已形成一套具有自身特色的、在国内外业界具有良好口碑的眼外伤诊断常规，现已发展成为我国规模大、综合技术力量强的眼外伤专科。眼外伤专科除开展一般常见疾病手术如：白内障摘除、人工晶状体植入，晶状体脱位半脱位摘除、人工晶状体/张力环脱位半脱位复位、玻璃体切除，眼内异物取出，视网膜嵌顿、视网膜脱离复位等手术外，还广泛开展了各种复杂眼外伤的前后段联合手术，善于接诊各类眼外伤疑难杂症和重急症患者，在眼外伤后各种疑难高危复杂玻璃体视网膜病变、眼前节紊乱、眼球早期萎缩、眼后房微小异物、感染性眼病、复杂性虹膜睫状体病变以及严重眼化学伤等眼外伤相关疾病的诊治水平处于国际水平，是国内复杂性眼外伤患者的转诊中心，使许多以往无法医治的眼底、眼外伤复杂疑难病症得到成功的救治。