医院目前有沈河、和平、北陵3个院区和4个派驻门诊部。沈河院区主要承载师以上首长救治、学术交流、战救及临床技能培训任务，是全院各院区医疗救治的总依托。和平院区主要承载科研教学、卫勤战备、专科患者救治，是军事医学研发、军地两用人才培训的重要平台。北陵院区主要开设康复医学科，负责伤病员术后康复任务。派驻门诊部主要承担战区机关、各军兵种、省军区等服务保障任务。各点位相对独立，又交叉融合，功能互补，形成了资源整合、功能耦合、发展聚合的部署格局。
作为“全国健康咨询及就医指导平台”的官方网站，挂号网通过号源托管、HIS直连、搜索链接三种方式聚合了全国超过400家重点三级医院的预约挂号资源，建立了全国三级医院22万名医生的专长库，帮助全国用户“找对医生挂到号”。
“全国健康咨询及就医指导平台”启动两年来，已成功为全国超过1200万用户提供了预约挂号、就医指导、健康咨询服务，成为了全国规模的医疗健康服务平台。
2018年7月1日，黑龙江省卫生计生委发出通知，要求全省各级医疗机构均实行实名制挂号就诊。
用户要预约挂号首先必须注册，填写姓名、证件号码时，必须是用户自己的真实姓名、有效证件，否则用户预约成功后，到医院就诊时医院发现你的身份证件等资料与网上挂号所填资料不符时，医院有权作废该用户的预约号。
如遇专家临时因公有事坐诊时间有变更，医院将推荐同等资历可诊治相同疾病的其他医生为您看病服务，也可和医院协调征得医院同意，保留预约号在下次该专家坐诊时再来就诊。
若用户需挂号的医生挂号额已满，系统将推荐可诊治相同疾病的其他医生供用户挂号或挂号预约。